Η 13η Σεπτεμβρίου του 1986 θα παραμείνει ανεξίτηλη για την Καλαμάτα και την Μεσσηνία. Εκείνο το βράδυ, στις 8:20 μ.μ., ένας ισχυρός σεισμός μεγέθους 6,2 βαθμών της κλίμακας Ρίχτερ χτύπησε την πόλη, αφήνοντας πίσω του καταστροφή, θάνατο, και τρόμο.
Ο σεισμός αυτός δεν αποτέλεσε απλώς μια φυσική καταστροφή, αλλά και ένα σημείο καμπής για την πόλη, η οποία έκτοτε μεταμορφώθηκε μέσα από τις προσπάθειες ανοικοδόμησης και ανασυγκρότησης.
Ο μεγαλύτερος μετασεισμός σημειώθηκε δύο μέρες αργότερα, στις 15 Σεπτεμβρίου 1986, και είχε μέγεθος 5,4 Ρίχτερ. Συνολικά σημειώθηκαν 700 μετασεισμοί. Χρειάστηκε ειδική προσπάθεια για την ανοικοδόμηση των νεοκλασικών σπιτιών και καταστημάτων της πόλης καθώς και για την αποκατάσταση των βυζαντινών και νεότερων μνημείων, η οποία έγινε με ειδική μέριμνα από την Υπουργό Πολιτισμού Μελίνα Μερκούρη.