Η Κρήτη έζησε με οθωμανική κατοχή από το 1669, όταν ο Βεζύρης Κιοπρούλης εισήλθε στον Χάνδακα (Ηράκλειο). Οι Κρητικοί δεν έσκυψαν ποτέ το κεφάλι, κάτι που φαίνεται και από τις εξεγέρσεις, και αυτή του 1692 αλλά και εκείνη το 1770. Το 1821, οι Κρητικοί εντάχθηκαν στον αγώνα της Επανάστασης, όμως η πολυάριθμη παρουσία Τούρκων και Τουρκοκυπρίων στο νησί, έκανε τον αγώνα τους πολύ δύσκολο.
Ακολούθησαν τα κινήματα του 1833 και του 1841 και η «Μεγάλη Kρητική Επανάσταση», το 1866 έως το 1869. Η Κρητικοί δεν έκατσαν ποτέ με στα θέλοντας να αποτινάξουν τον οθωμανικό ζυγό. Στην «Επανάσταση του 1897-1898», κατάφεραν να αποκτήσουν την αυτονομία τους, με τις ευλογίες των τότε «Μεγάλων Δυνάμεων», μετά τις απίστευτες ωμότητες που διέπραξαν οι βασιβουζούκοι (Τούρκοι άτακτοι) στο Ηράκλειο στις 25 Αυγούστου του 1898. Στις 2 Νοεμβρίου του ίδιου χρόνου και ο τελευταίος Τούρκος στρατιώτης εγκατέλειπε το κρητικό έδαφος.
Για 15 χρόνια η Κρήτη ήταν υπό την προστασία των «Μεγάλων Δυνάμεων». Στο διάστημα αυτό ιδρύθηκε η «Κρητική Πολιτεία», με Ύπατο Αρμοστή τον πρίγκιπα Γεώργιο και κυβέρνηση με έξι μέλη, πέντε χριστιανούς και έναν μουσουλμάνο. Το ποσοστό των μουσουλμάνων στην Κρήτη εκείνη την περίοδο άγγιζε το 25%. Η μορφή που αναδείχθηκε εκείνη την περίοδο ήταν ο Ελευθέριος Βενιζέλος, που ήρθε σε σύγκρουση με τον πρίγκιπα Γεώργιο. Αποτέλεσμα αυτής της σύγκρουσης ήταν η «Επανάσταση της Θερισού» το 1905, με κύριο αίτημα την ένωση με την Ελλάδα. Το κίνημα της Θερισού, ανέτρεψε τον πρίγκιπα Γεώργιο και στη θέση του ως Ύπατος Αρμοστής, τοποθετήθηκε ο πολιτικός Αλέξανδρος Ζαΐμης.
Η νικηφόρα έκβαση των Βαλκανικών Πολέμων και οι χειρισμοί του τότε πρωθυπουργού Ελευθερίου Βενιζέλου, επιτάχυνε τις εξελίξεις το 1913. Ο σουλτάνος παραιτείται από κάθε δικαίωμα στο νησί, αρχικά με τη «Συνθήκη του Λονδίνου» τον Μάιο και αργότερα με ιδιαίτερη συνθήκη, την 1η Νοεμβρίου του 1913. Η επίσημη ένωση έγινε την 1η Δεκεμβρίου του 1913, με την ανταλλαγή πληθυσμών να ολοκληρώνεται δέκα χρόνια αργότερα και τους μουσουλμάνους της Κρήτης να εγκαθίστανται κυρίως στα παράλια της Μικράς Ασίας.
