O μεγαλύτερος σεισμός του 20ου αιώνα στην Ευρώπη, σημειώθηκε στην Σαντορίνη, στις 9 Ιουλίου του 1956 και σε μεγάλο βαθμό την ισοπέδωσε. Το επίκεντρο του σεισμού ήταν στο ρήγμα της θαλάσσιας λεκάνης της νότιας Αμοργού. Η δόνηση είχε μέγεθος 7.5 ρίχτερ. Ακολούθησε πολύ ισχυρός μετασεισμός 12 λεπτά μετά τον πρώτο. Είχε μέγεθος 6,9 Ρίχτερ και απλώς ολοκλήρωσε την καταστροφή.
Ο σεισμός έπληξε κατά βάση τη Σαντορίνη και είχε ως αποτέλεσμα να σκοτωθούν 53 άνθρωποι. Στην Σαντορίνη καταγράφηκαν οι σοβαρότερες ζημιές. Το 35% των σπιτιών κατέρρευσε και το 45% παρουσίασε μεγάλες ή μικρές ζημιές. Ολοσχερώς καταστράφηκαν σχεδόν όλα τα δημόσια κτίρια.
Ο εγκέλαδος είχε προειδοποιήσει το μεσημέρι της 8ης Ιουλίου με μία σεισμική δόνηση της τάξης των 4,9 βαθμών της κλίμακας Ρίχτερ, με επίκεντρο τη θαλάσσια περιοχή νότια της Αμοργού. Δεν φαίνεται να ανησύχησε ιδιαίτερα τον πληθυσμό των Κυκλάδων, που συνέχισε τις καθημερινές του δραστηριότητες.
Ωστόσο, μερικές ώρες αργότερα, τα ξημερώματα της επόμενης ημέρας, 9 Ιουλίου, στις 5:11 το πρωί εκδηλώθηκε ο κυρίως σεισμός από τον ίδιο εστιακό χώρο. Οι άνθρωποι κοιμούνταν και αιφνιδιάστηκαν.
Όπως έγραψαν χαρακτηριστικά οι εφημερίδες της εποχής, η σεισμική δόνηση ισοδυναμούσε με την έκρηξη 10.000 ατομικών βομβών. Η κυβέρνηση κήρυξε την Σαντορίνη σε κατάσταση εκτάκτου ανάγκης και ο τότε πρωθυπουργός Κωνσταντίνος Καραμανλής επισκέφτηκε το νησί. Το ίδιο έκανε και η βασιλική οικογένεια.
Η τόσο ισχυρή σεισμική δόνηση όπως είναι φυσικό προκάλεσε παλιρροϊκό κύμα, αυτό που σήμερα περιγράφεται ως τσουνάμι. Οι εκτιμήσεις για το μέγεθος του κύματος είναι διαφορετικές. Οι εφημερίδες έγραφαν εκείνη την εποχή ότι τα κύματα είχαν ύψος από 4 έως 25 μέτρα. Τα κύματα εξαπλώθηκαν σε όλο το Αιγαίο και προκάλεσαν μικρές ζημιές. Το παλιρροϊκό κύμα έφτασε έως και το Ηράκλειο, σύμφωνα με τα δημοσιεύματα της εποχής.
(Πηγή: Οι φωτογραφίες από την Σαντορίνη είναι από το σπουδαίο αρχείο του λογοτέχνη Ανδρέα Νομικού.)